磁座钻主要结构由四部分构成：电机、磁座、齿轮箱、控制电路等。磁座钻在调速方面分为有档调速和无级调速，无级调速的好处在于不用停机就可以改变转速。 在通电情况下，打开磁座开关通过电磁效应产生上千公斤的磁力，使之能够吸附在钢板及结构件上，起到固定机器的作用，磁座的吸附能力越强，在工作时，磁座钻的机身能更加稳定，钻孔的精度亦越高。当打开机器开关机器转子部分高速旋转再通过传动齿轮组带动传动轴旋钻带动钻头运动，在需要钻孔的部位通过钻头进行切削钻孔，跟其火焰切孔相比钻出来的孔精度高，属于物理切削，不会产生化学反应，不会让材质变形。钻头前除了市面传统的麻花钻以外，还有专门用于
磁力钻的空心钻头，这种钻头采用铣刀的原理，具有效率高，精度好的效果。
传统的麻花钻*大只能钻到32mm，而用取芯钻，可以钻到50mm-100mm。空心磁力钻效率是一般麻花磁力钻钻孔速度的8倍以上，同时在操作机器的使用力小很多，因为不存在钻头同心度及晃动的问题精度更高，但是空心钻磁力钻只能钻通孔。空心钻头的钻孔作业是一种非常高效的钻孔方式，比麻花钻头更加快捷、安静和准确，它只需很小的功率即可在厚度不一的钢板上钻出很大的孔，并且很快完成，无需预钻孔和更换钻头，比实心麻花钻头的钻孔效率还要高百分之四十。
